どうせなので

APACHE2にしてsuexecを追加
make WITH_SUEXEC=yes SUEXEC_DOCROOT=/home install
バーチャルホストの設定はユーザーの書き方が
SuexecUserGroup naojima naojima
で

Options ExecCGI
AllowOverride ALL
Allow from all

とAllowを出す必要がありました。